El CEIP Gonzalo Encabo participa o ha participado en multitud de proyectos y programas tanto institucionales como propios.

A continuación se muestra un listado de los que está llevando a cabo o los que ha realizado:

- Centro de Prácticas de Grado de E.I. y E.P.
- Escuela Asociada a la UNESCO.
- Escuela perteneciente a la Red de Escuelas para la Paz y el Desarrollo.
- Centro colaborador con la Universidad de Osaka y Universidad de Salamanca.
- Centro colaborador con la Asociación Oncológica Extremeña (AOEX).

- Centro con oferta de Actividades Formativas Complementarias en horario de tarde:


-Informática.
-Manualidades.
-Fomento de la lectura.
-Inglés.

- Programa de Compensación Educativa. (Desde el año 2000). 1º Premio Calidad Programas Compensación Educativa (2002).

- Programa de Lengua Árabe y Cultura Marroquí. (Desde del curso 2003/2004)

- Programa Palabras Viajeras de la fundación CEPAIM.

- Proyecto ATENEA (Cursos 2010/2011 y 2011/2012)

- Programa de refuerzo, orientación y apoyo (PROA) (Cursos 2011/2012 y 2012/2013).

- Programa Junioremprende (Cursos 2013/2014 y 2014/2015).

- Cesión de aulas para los Espacios Educativos Saludables de la Cruz Roja en las vacaciones de verano. (Desde el curso 2014/2015).

- Plan de Formación en Competencias Básicas durante cuatro años (2011/2012 a 2014/2015) y continuidad durante los cursos 2015/2016 y 2016/2017, respectivamente, con la creación de Grupo de Trabajo y Seminario.

- Programa de Rutas por Espacios Naturales de Extremadura (Cursos 2015/2016 y 2016/2017).

- Formación Centros: Seminario sobre COMPETENCIAS CLAVE hasta curso 2018/2019. Se continúa trabajo y formación en Competencias Clave.

- Programa de Consumo de Frutas y Hortalizas (hasta el curso 2018/2019).

- Programa MUS-E: Inclusión educativa y social desde el arte.

- Programa para la mejora del rendimiento y la inclusión socioeducativa del alumnado de los Centros de Atención Educativa Preferente (CAEP) de la Comunidad Autónoma de Extremadura.

- Centro perteneciente a la Red de Bibliotecas Escolares de Extremadura (REBEX)

- Proyecto "Aulas Abiertas Interculturales" de la Liga Española de la Educación y la Cultura Popular.

- Proyecto Patios (Curso 2016/2017)

- Proyecto de Innovación sobre Gamificación Metodológica y Evaluadora (Desde el curso 2016/2017)

- Programa de Mejora de las Capacidades Docentes de Extremadura (CPDEx) (Desde el curso 2016/2017 hasta el curso 2019/2020).

- Programa “¡MUÉVETE!: formación para el desarrollo profesional docente a través de estancias formativas” (Desde el curso 2017/2018)
- Programa de Convivencia Escolar. "Ayuda entre iguales. Alumnos acompañantes" (Desde el curso 2017/2018)

- Programa CAEP-Ítaca (Desde el curso 2018/2019)

- Programa PROA-Plus (Desde el curso 2020/2021)
- Programa Experimental ILUSIONARTE (Desde el curso 2020/2021)
- Proyecto "Galaxia de Música" (Desde el curso 2020/2021)
- Proyecto Revolution (Desde el curso 2020/2021)

- Proyectos de innovación para centros pertenecientes a la REBEX:

- YO LEO, TÚ LEES, LAS CALLES DE NUESTRO PUEBLO LEEN (2018/2019)
- EL MUSEO DEL PRADO NOS ESPERA. ¡FELIZ CUMPLEAÑOS!(2019/2020)
- ENTRE MUROS Y LEYENDAS (2020/2021)